Politeknik Cilacap dibangun atas dasar gagasan dan semangat Bupati Cilacap pada tahun 2006 untuk memberikan kesempatan masyarakat cilacap meningkatkan tingkat kehidupan melalui jenjang pendidikan tinggi yang selaras dan sejalan dengan program pemerintah cilacap menuju daerah Pro Investasi.

Politeknik Cilacap dibangun atas dasar program hibah dari Dikti 70 % dan Kabupaten Cilacap 30% serta 10 Ha Tanah. Dengan ijin pendirian dari Dikti No.125/D/O/2008 tanggal 8 Juli 2008 dan mengelola 3 Program Studi yaitu Program Studi D3 Teknik Elektronika, Program Studi D3 Teknik Informatika, dan Program Studi D3 Teknik Mesin.

Pada tanggal 3 Oktober 2014, Politeknik Cilacap telah secara resmi beralih status menjadi sebuah perguruan tinggi negeri berdasarkan Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 102 Tahun 2014 tentang Pendirian, Organisasi, dan Tata Kerja Politeknik Negeri Cilacap dan diresmikan secara simbolik bersamaan dengan perguruan tinggi negeri baru (PTNB) di Surabaya pada tanggal 06 Oktober 2014.
Sampai dengan saat ini Politeknik Negeri Cilacap (PNC) mengelola 3 Jurusan dan 6 Program Studi.

Jurusan PNC :

1. Jurusan Teknik Elektronika,
2. Jurusan Teknik Informatika
3. Jurusan Teknik Mesin

Dengan Program Studi :

1. D4 Teknik Pengendalian Pencemaran Lingkungan (TPPL)
2. D4 Pengembangan Produk Agroindustri (PPA)
3. D3 Teknik Elektronika
4. D3 Teknik Listrik
5. D3 Teknik Informatika
6. D3 Teknik Mesin.

Untuk meningkatkan kompetensi Mahasiswa ataupun Lulusan Politeknik Negeri Cilacap, maka saat ini di PNC telah mendirikan lembaga yang terkait dengan kompetensi, yaitu:

1. Lembaga Sertifikasi Profesi (LSP-P1) yang berafiliasi dengan Badan Nasional Sertifikasi Profesi (BNSP)
2. Cisco Networking Academy
3. MikroTik Academy PNC
4. English Proficiency Test (EPT-PNC)